En bordure du boulevard Saint Germain, jouxtant l'ancien hôtel des abbés de Cluny aujourd'hui transformé en musée, s'étend sur 5000m² le jardin de Cluny, jardin médiéval urbain du XVème siècle imaginé par les architectes Eric Ossart et Arnaud Maurières, inspiré des principes de Charlemagne (édictés dans le capitulaire de Villis en 812, dans lequel l'empereur établissait notamment le plan d'exploitation agraire et horticole en indiquant la liste de 72 plantes poussant sur des plates bandes surélevées entourées de lattes de bois et de 16 arbres fruitiers).
Sous l'influence de l'expansion monastique, l’Europe féodale développe une forme distincte de jardin. Clos de mur, de forme carré ou rectangulaire, à l’image de celle du cloître, il comprend plusieurs subdivisions respectant elles mêmes ces formes géométriques. Les parterres forment des chemins à angle droit, et les aires sont de forme et de taille similaires.
Le jardin médiéval présente quatre parties à usage utilitaire (alimentaire et médical) qui s'enrichira au fil du temps d'une fontaine, de préau ("prés hauts"), d'allées couvertes par des tonnelles où grimpent rosiers et chèvrefeuille donnant ainsi l'image d'un petit paradis sur terre.
Le square de Cluny reprend en partie ces caractéristiques : des taillis, une intense végétation et une terrasse protégé par une clôture de bois ornée d'aubépine et d'églantier, comprenant les quatres carrés explicités plus haut. Rénové en 2000, il offre au visiteur une succession d'espaces directement inspiré des jardins médiévaux de l'époque et comprenant :
Les quatre espaces de plantations répondant aux besoins alimentaires et médicinaux du Moyen-Age et à la symbolique forte :
"L'herbarium", ou jardin de la santé, appelé aussi parfois "jardin des simples", il s’agit d'un enclos comprenant les plantes médicinales. "L'hortus", ou jardin de l'âme. Il correspond au potager (appelé aussi "ménagier") où poussent légumes et plantes aromatiques. Il est divisé en carrés, surélevé comme un damier. "L'hortus conclusus", jardin céleste dans lequel poussent roses, violettes, marguerites, lis et pâquerettes, il est dédié à la Vierge ou à Vénus, selon que le jardin soit sacré ou profane. "Le viridarium" : jardin de l'amour rapellant directement le concept de l'amour courtois, qui est un verger parsemé de fleurs. C'est le jardin préféré du Moyen age, jardin idéal, onirique, allégorique, celui de la rencontre amoureuse et le lieu de plaisance.
Le square comporte également un "préau", prairie piquée de fleurs et agrémentée de "la fontaine aux roseaux d'argent", de Brigitte Nahon ; "Le Chemin creux" parsemé de giroflées, valérianes et roses de Noël évoquant les plantes que l'on trouvait sur la Montagne Sainte Geneviève, toute proche ; "Le tapis des mille fleurs", tourné vers le musée qui jouxte le jardin, faisant directement référence à la célèbre tapisserie de "la Dame à la Licorne".
Aujourd'hui comme hier, le square de Cluny offre le repos et la sérénité à ceux qui s'y arrêtent, tout en dressant à travers quelques plate bandes et allées, un pont entre présent et passé.